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Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  40 lines
  1. ***************************************
  2. * ATP-dependent DNA ligase signatures *
  3. ***************************************
  4.  
  5. DNA ligase (polydeoxyribonucleotide synthase) is the enzyme that joins two DNA
  6. fragments by catalyzing the formation of an internucleotide ester bond between
  7. phosphate and deoxyribose. It is active during DNA replication, DNA repair and
  8. DNA recombination.  There  are  two  forms  of  DNA  ligase:  one requires ATP
  9. (EC 6.5.1.1), the other NAD (EC 6.5.1.2).
  10.  
  11. Eukaryotic, archaebacterial,  virus  and  phage DNA ligases are ATP-dependent.
  12. During the  first  step of the joining reaction, the ligase interacts with ATP
  13. to form  a  covalent enzyme-adenylate intermediate. A conserved lysine residue
  14. is the site of adenylation [1,2].
  15.  
  16. Apart from the active  site  region,  the  only conserved region common to all
  17. ATP-dependent DNA ligases is found [3] in the C-terminal section and  contains
  18. a conserved glutamate as well as four positions with conserved basic residues.
  19.  
  20. We developed signature patterns for both conserved regions.
  21.  
  22. -Consensus pattern: [EDQH]-x-K-x-[DN]-G-x-R-[GACV]
  23.                     [K is the active site residue]
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 5.
  26.  
  27. -Consensus pattern: E-G-[LIVMA]-[LIVM](2)-[KR]-x(5,8)-[YW]-[QEK]-x(2,6)-[KRH]-
  28.                     x(3,5)-K-[LIVMFY]-K
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31.  
  32. -Last update: December 1992 / Patterns and text revised.
  33.  
  34. [ 1] Tomkinson A.E., Totty N.F., Ginsburg M., Lindahl T.
  35.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:400-404(1991).
  36. [ 2] Lindahl T., Barnes D.E.
  37.      Annu. Rev. Biochem. 61:251-281(1992).
  38. [ 3] Kletzin A.
  39.      Nucleic Acids Res. 20:5389-5396(1992).
  40.